Une dizaine de participants de toute l’Europe se sont réunis à Pistoia (Italie), dans l’une des régions les plus importantes pour la production de plants en pépinière, afin d’échanger sur les outils développés par le projet HOMED, pouvant être utilisés pour la prévention et la détection des agents pathogènes des arbres. L’événement, organisé par l’IEFC, a été dirigé par des chercheurs du CNR et gracieusement accueilli par le groupe Giorgio Tesi (l’un des plus grands groupes internationaux de pépinières).

Figure 1 : Une pépinière du Giorgio Tesi Group

Pendant l’atelier, les chercheurs ont présenté plusieurs prototypes tel qu’un instrument LAMP portable et un piège à spore. Les participants ont pu en apprendre davantage sur la méthode de détection moléculaire en participant à la collecte de tissus végétaux, à la préparation des échantillons par extraction d’ADN et à l’analyse des résultats à l’aide d’un appareil LAMP portable. Cette méthode peut être utilisée pour la détection de bactéries, d’insectes, de phytopoisons et de virus mais le kit de prélèvement utilisé doit être adapté en fonction de l’insecte recherché.

Heureusement, aucune trace de la bactérie Xylella fastidiosa (choisie comme cible de la démonstration) n’a été trouvée dans les échantillons prélevés sur les arbres de la pépinière. De plus, les chercheurs du projet HOMED ont étendu la portée d’utilisation de l’appareil en élaborant des primers spécifiques pour la détection de Fusarium circinatum, Phytophtora ramorum or Gnomoniopsis smithogilvyi. Cette démonstration participative a mis en évidence la simplicité d’utilisation de l’outil et sa vitesse (résultats en 30 minutes seulement), mais pas suffisamment pour être utilisé de manière autonome par les techniciens des pépinières.

Figure 2 : Démonstration de la méthode LAMP. De droite à gauche : Alessia Pepori (CNR), Zhelyu Avramov (LTU Sofia), Nicola Luchi (CNR) et Roxana Ciceoi (USAMV Bucharest)

De plus, deux échantillonneurs aérobiologiques ont ensuite été présentés pour surveiller les spores circulant dans l’air. Les résultats des échantillons doivent être analysés par la méthode qPCR pour détecter la présence d’un agent pathogène. Les deux pièges à spores ont été comparés afin d’identifier les avantages et les conditions idéales de fonctionnement de chacun.

Picture: Spore trap demonstration. Alberto Santini (CNR).

Cet événement a également été l’occasion de présenter le centre de connaissances HOMED à venir (« Knowledge Hub »), comprenant tous les outils et connaissances scientifiques produits par le projet HOMED, afin d’aider les parties prenantes dans la gestion de l’émergence d’insectes nuisibles et des pathogènes. Ce centre de connaissances sera mis en ligne afin de poursuivre la démonstration et la diffusion des solutions pratiques, pour les utilisateurs finaux.

Benoît de Guerry (IEFC)